1952年，智林法師眼見鄉童失學問題嚴重，為此淨院開辦「慈航義學」，由胡文虎先生及胡文豹先生捐助興建校舍。
1982年，慈航淨院成功申請到由政府在沙田圓洲角興建的新校舍，並轉型為津貼學校，即現在的慈航學校。
2003年，9月轉為全日制小學，為學生提供均衡課程和多元化學習活動。
2022年，70周年了，我們仍不忘初心，不斷優化學校的環境、設施和課程，推廣品德教育，培育孩子成就三好。
 學校外貌 (慈航義學) |  學校外貌 (攝於1982) |  學校外貌 (現今) |
慈航學校由慈航淨院於1952年創辦，秉承「明、智、顯、悲」的校訓，弘揚佛法，使學生能明辨是非，遠離惡習。
我們以「德、智、體、群、美」五育為課程綱領，並以學生為本，因材施教，推行全人教育，培養學生主動學習的精神，使學生能愉快、健康地成長，為社會培育「德才兼備」的良好公民。
看到慈航淨院的名字，不期然想起大慈大悲觀世音菩薩慈航普渡，為眾生廣施甘露的事跡。事實上，數十年來，慈航淨院也秉承著這種無私精神，為失學兒童開辦義學，更為大眾宣講佛經，弘揚佛法，廣結善緣。
慈航淨院坐落沙田大圍新田村，位處車公廟側，由來自廣州如來庵的宏願法師於1914年所創立的尼眾道場。宏願法師來到香港，在沙田購置了一間細小的舊村屋，將之改建成道場。後來尼眾弟子日益增多，需要擴建。1932年宏願法師圓寂，淨院擴建仍未完成，其弟子智林法師繼承遺志，致力擴建工程，更命其徒瑞融法師，從大嶼山蓮華台下山協辦。
據慈航淨苑瑞洪法師憶說：「經過許多波折及艱辛，慈航淨院的擴建終於落成。可是在開光大日子當天，卻又遇上日軍入侵香港。日軍要徵收淨院為軍營，用刀槍指著瑞融法師，強迫她在契約上簽名，剛巧大殿正傳出法師們誦讀楞嚴咒， 瑞融法師鎮定地告訴日軍說：『現在誦經，不能停止，否則皇軍會戰敗的。』」日軍首領即下令保護全港所有佛寺。法師的聰敏，成為香港所有佛寺的護身符，逃過戰禍一劫。
當時香港淪陷，很多由內地來港參加淨院開光大會的高僧大德，都不能返回內地，被迫滯留香港，只能暫住於淨院，故此，一直為女眾道場的慈航淨院，在大戰期間破例收留避難的男眾師父，由那時開始，淨苑的講堂亦被稱為和尚樓。
智林法師除了致力弘法之外，更非常重視下一代的教育。智林法師眼見當時許多鄰近的村童沒能力上學，更令她感到必須幫助失學兒童讀書識字。於1952年，開辦第一間慈航義學，校舍由胡文虎先生及胡文豹先生捐助興建，讓失學的村童能有受教育的機會。
五十年代時，鄉郊地方交通不便，小學教育亦未普及，不少兒童失學。創建慈航淨苑的宏願法師的弟子智林法師，繼承師志，於1952年開辦義學，為附近兒童免費提供基礎教育。1982年，辦學團體慈航淨院將學校遷至沙田源昌里，即今天的慈航學校。
慈航淨院的宗旨在於弘揚佛法，二十多年前開始，瑞融法師提議，在慈航淨院開設講經班，希望更多眾生能夠得聞佛法，淨達法師就開始在慈航講經至今。淨達法師最初是開設佛學初階班，及後加入《阿含經》、《大智度論》、《維摩詰所說經講記》、《慈悲三昧水懺講記》及《楞伽經》等經典。
